מאמרו התאורטי הראשון של ג׳ונס, שנקרא בזלצבורג ב־1908, הכניס את המונח רציונליזציה לפסיכואנליזה. בהתבסס על הוכחתו של פרויד שלתהליכים נפשיים רבים יש סיבות שהאדם אינו יודע אותן ואינו מוכן להודות בהן, מיין את המנגנונים המסתירים סיבות אלה לשני סוגים. בסוג הראשון האדם גורס שאין צורך בהסבר כלשהו, כמו כאשר פליטות ומעשים מקריים מיוחסים ליד המקרה. ג׳ונס ראה בהתנגדות לשאול מאין באים מעשים כאלה סימן לכך שמקורם אינו קביל, וכך הכניס את פעולות הכשל לאותה סכמה. בסוג השני האדם מספק הסבר סביר אך כוזב, משום שכל אדם זקוק לתת דין וחשבון קוהרנטי ורציונלי על עצמו. הסברים כוזבים שנוצרים בעיקר לצורך האדם עצמו כינה התחמקויות, ואת אלה שנוצרים מתוך התחשבות בדעת סביבתו כינה רציונליזציות (רציונליזציה בחיי היומיום2). המאמר נעשה לפרק הפותח של מאמרים על פסיכואנליזה. שאר המאמרים בספר זה מעמידים את הפסיכואנליזה מול הסוגסטיה, שלפי ג׳ונס פועלת באמצעות העברה של רגש חיובי אל הרופא ומחליפה את הסימפטומים בתלות. הם גם מציגים את התאוריה של פרויד על החלומות, על הנוירוזות ועל העידון, ורואים בסימפטומים נוירוטיים עידונים שנכשלו או שלא הושלמו (מאמרים על פסיכואנליזה3).
ב־1910, בכתב העת American Journal of Psychology, פיתח ג׳ונס למחקר מלא השערה שפרויד שרטט בהערת שוליים בפשר החלומות5: שהשתהותו של המלט נובעת מתסביך אדיפוס. הוא סקר את הספרות הביקורתית ודחה הסברים הנשענים על מזגו של המלט או על מכשולים חיצוניים, ותיאר את מצבו של המלט במונח "אבוליה ספציפית", אי-יכולת לרצות מעשה מסוים אחד. בכך שהרג את אביו של המלט ונשא את אמו, הגשים קלאודיוס את משאלותיו המודחקות של המלט עצמו, ולכן החובה להרוג אותו הייתה כרוכה במשאלות אלה ונבלמה יחד איתן. ג׳ונס גם מיקם את הסיפור בין מיתוסי הגיבור שחקרו ראנק ואברהם, וקשר את המחזה למות אביו של שייקספיר ב־1601 (תסביך אדיפוס כהסבר לתעלומת המלט6). מאוחר יותר הרחיב את החיבור, ולבסוף הפך אותו לספר המלט ואדיפוס (Hamlet and Oedipus, 1949).
החיבור תורת הסמליות7 (1918) הרחיב הרצאה שניתנה באגודה הפסיכולוגית הבריטית ב־1916. הוא שמר את המונח סמליות לסוג אחד של ייצוג עקיף, הסוג הלא-מודע, להבדיל ממטפורה, מדימוי ומאמבלם. ג׳ונס שינה קריטריונים שהציעו ראנק וזקס, וגרס שסמל אמיתי מייצג חומר לא-מודע, שומר על משמעות קבועה כמעט, אינו נקבע בידי גורמים אישיים בלבד, ויש לו מקבילות במיתוס, בפולחן ובדת. הסמלים מגיעים לאלפים, אך הרעיונות שהם מייצגים מעטים: העצמי הגופני, קרובי המשפחה הקרובים ביותר, והלידה, האהבה והמוות. בניגוד ליונג טען שכל יחיד יוצר את הסמלים מחדש, ואינו יורש אותם מוכנים. אבן הבוחן שלו הייתה שרק מה שמודחק עובר סמליזציה, ורק המודחק זקוק לכך. על סמך זה דחה את הקריאה "הפונקציונלית" ואת הקריאה "האנגוגית" של הרברט זילברר ויונג, הרואות בנטיות מופשטות את משמעות הסמל; לדעתו הן דיללו את המושג, ובטיפול שירתו לא פעם את ההתנגדות. במטפורה, כך סיכם, הרגש מעודן יתר על המידה; בסמל האמיתי הוא מעודן פחות מן הדרוש.
המאמר ההתפתחות המוקדמת של המיניות הנשית4, שנקרא בקונגרס אינסברוק ב־1 בספטמבר 1927, נפתח בתמיכה באזהרתה של הורני שההשקפות האנליטיות על ההתפתחות הנשית המוקדמת מעוותות בידי הטיה. ג׳ונס העלה את האפשרות שאנליטיקאים גברים אימצו השקפה פאלוצנטרית במידה מופרזת, שהמעיטה בערכם של איברי המין הנשיים. הוא טען שהסירוס אינו אלא איום חלקי, והציע את השם אפניזיס להכחדה המוחלטת והקבועה של היכולת וההזדמנות להנאה מינית. זו, לדעתו, האימה היסודית של שני המינים, והיא עומדת ביסוד כל הנוירוזות; כך עיצב מחדש את תסביך הסירוס כמקרה פרטי אחד של פחד רחב יותר. המינים נבדלים זה מזה באופן שבו הם מדמיינים את האפניזיס: הילד כסירוס, והילדה, התלויה יותר בבן זוגה, כפרידה ונטישה. בהסתמך על האנליזות של קליין תיאר מעברים ישירים מן השלב האוראלי אל המצב האדיפלי אצל ילדות. הוא הבחין בין קנאת פין טרום-אדיפלית לבתר-אדיפלית, שהאחרונה בהן היא הגנה רגרסיבית מפני הקיפוח של משאלות גילוי העריות של הילדה. הוא גם העלה את האפשרות שהשלב הפאלי שתיאר פרויד אצל ילדות הוא תצורה משנית והגנתית, ולא שלב התפתחותי של ממש. אותו מאמר הציע שהאשמה והסופר-אגו נבנים מבפנים, כדי להגן על הילד מפני הלחץ של ליבידו שלא בא על סיפוקו, ושהילד מנצל את אי-ההסכמה החיצונית ואינו רק נכנע לה.
אף שנשאר נאמן לפרויד, נבדל ממנו ג׳ונס בשאלת המיניות הנשית, בשאלת אנליזת ההדיוטות, בשאלת הטלפתיה ובהערכת עבודתה של קליין. בביוגרפיה הביע ספקנות כלפי דחף המוות, אך העריך את עכבה, סימפטום וחרדה ואת התאוריה המאוחרת של פרויד על האגו (זיגמונד פרויד: חייו ופעלו1).